Binary tree algorithm for cytometry data analysis.

Usage

CytomeTree(M, minleaf = 1, t = 0.1, verbose = TRUE, force_first_markers = NULL)

Arguments

M: A matrix of size n x p containing cytometry measures of n cells on p markers.
minleaf: An integer indicating the minimum number of cells per population. Default is 1.
t: A real positive-or-null number used for comparison with the normalized AIC computed at each node of the tree. A higher value limits the height of the tree.
verbose: A logical controlling if a text progress bar is displayed during the execution of the algorithm. By default is TRUE.
force_first_markers: a vector of index to split the data on first. This argument is used in the semi-supervised setting, forcing the algorithm to consider those markers first, in the order they appear in this force_first_markers vector, and forcing the split at every node. Default is NULL, in which case the clustering algorithm is unsupervised.

Value

An object of class 'CytomeTree' providing a partitioning of the set of n cells.

annotation A data.frame containing the annotation of each cell population underlying the tree pattern.
labels The partitioning of the set of n cells.
M The input matrix.
mark_tree A two level list containing markers used for node splitting.
pl_list A list of density estimations for each node used in plot_nodes for visualization purposes

Details

The algorithm is based on the construction of a binary tree, the nodes of which are subpopulations of cells. At each node, observed cells and markers are modeled by both a family of normal distributions and a family of bi-modal normal mixture distributions. Splitting is done according to a normalized difference of AIC between the two families.

Author

Chariff Alkhassim, Boris Hejblum

Examples

head(DLBCL)
#>   FL1 FL2 FL4 label
#> 1 416 251 293     2
#> 2 210  93 184     2
#> 3 387 300 233     2
#> 4 403 438 288     2
#> 5 399 128 116     2
#> 6 538 288 189     2

# number of cell event
N <- nrow(DLBCL)

# Cell events
cellevents <- DLBCL[, c("FL1", "FL2", "FL4")]


# Manual partitioning of the set N (from FlowCAP-I)
manual_labels <- DLBCL[, "label"]


# Build the binary tree
Tree <- CytomeTree(cellevents, minleaf = 1, t=.1)
#> 
  |                                                                            
  |                                                                      |   0%
  |                                                                            
  |=======================                                               |  33%
  |                                                                            
  |===============================================                       |  67%
  |                                                                            
  |======================================================================| 100%


# Retreive the resulting partition of the set N
Tree_Partition <- Tree$labels


# Plot node distributions
par(mfrow=c(1, 2))
plot_nodes(Tree)


# Choose a node to plot
plot_nodes(Tree,"FL4.1")


# Plot a graph of the tree
par(mfrow=c(1,1))
plot_graph(Tree,edge.arrow.size=.3, Vcex =.5, vertex.size = 30)


# Run the annotation algorithm
Annot <- Annotation(Tree,plot=FALSE)
Annot$combinations
#>   FL1 FL2 FL4 leaves count   prop
#> 1  NA   1   0      1  4905 0.8879
#> 2  NA   0   1      2   590 0.1068
#> 3  NA   1   1      3    29 0.0052


# Compare to the annotation gotten from the tree
Tree$annotation
#>   FL1 FL2 FL4 labels count   prop
#> 1  NA  NA   0      1  4905 0.8879
#> 2  NA   0   1      2   590 0.1068
#> 3  NA   1   1      3    29 0.0052


# Example of sought phenotypes
# Variable in which sought phenotypes can be entered in the form of matrices.
phenotypes <- list()

# Sought phenotypes:
## FL2+ FL4-.
phenotypes[[1]] <- rbind(c("FL2", 1), c("FL4", 0))

## FL2- FL4+.
phenotypes[[2]] <- rbind(c("FL2", 0), c("FL4", 1))

## FL2+ FL4+.
phenotypes[[3]] <- rbind(c("FL2", 1), c("FL4", 1))

# Retreive cell populations found using Annotation.
PhenoInfos <- RetrievePops(Annot, phenotypes)
PhenoInfos$phenotypesinfo
#> [[1]]
#> [[1]]$phenotype
#> [1] "FL2-1" "FL4-0"
#> 
#> [[1]]$proportion
#> [1] 0.8879
#> 
#> [[1]]$cells
#>    [1]    1    2    3    4    5    6    7    8    9   10   11   12   13   14
#>   [15]   15   16   17   19   20   21   23   24   25   26   27   28   29   30
#>   [29]   31   32   33   34   36   37   38   39   41   42   43   44   45   46
#>   [43]   47   48   49   51   52   53   54   55   56   57   58   59   61   62
#>   [57]   63   64   65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76
#>   [71]   77   78   79   80   81   82   83   84   85   86   88   89   90   91
#>   [85]   92   93   94   95   96   97   98   99  100  101  102  103  104  105
#>   [99]  106  107  108  109  110  111  112  113  114  115  116  117  118  119
#>  [113]  122  123  124  125  126  127  128  129  130  131  132  133  134  135
#>  [127]  136  137  138  139  140  141  144  145  146  147  148  149  151  152
#>  [141]  153  154  155  156  158  159  160  161  162  164  165  166  168  169
#>  [155]  170  171  172  173  174  175  176  177  179  180  181  182  184  185
#>  [169]  186  189  190  191  192  194  196  197  198  200  201  202  203  204
#>  [183]  205  206  208  209  211  212  213  214  216  217  219  220  221  222
#>  [197]  223  225  226  227  230  231  232  233  234  235  236  237  238  239
#>  [211]  240  241  242  243  244  245  246  247  248  249  250  251  252  253
#>  [225]  254  255  256  257  258  259  260  261  262  263  265  266  267  268
#>  [239]  269  271  274  276  277  278  279  280  281  282  283  284  285  286
#>  [253]  287  288  289  290  291  292  293  294  295  297  298  299  300  301
#>  [267]  302  303  304  305  306  307  308  309  310  311  312  314  315  316
#>  [281]  317  318  319  320  321  322  324  325  326  327  328  329  330  331
#>  [295]  332  333  334  335  336  337  338  340  341  342  343  344  345  347
#>  [309]  348  349  350  352  353  354  355  356  357  358  359  360  361  362
#>  [323]  363  364  365  366  367  368  369  370  371  372  373  374  375  376
#>  [337]  377  378  380  381  382  383  384  385  386  387  388  389  390  391
#>  [351]  392  393  395  396  397  399  400  401  402  403  404  405  406  407
#>  [365]  408  409  410  411  412  413  415  416  417  418  419  420  421  423
#>  [379]  424  425  426  427  429  430  431  432  433  434  435  437  438  439
#>  [393]  440  441  442  443  445  448  449  450  451  452  453  454  455  456
#>  [407]  457  458  459  462  463  465  467  468  469  470  471  472  473  474
#>  [421]  475  476  477  478  479  481  483  484  485  487  489  490  491  492
#>  [435]  493  494  495  496  497  499  500  501  502  503  505  506  507  508
#>  [449]  509  510  511  512  513  514  515  516  517  518  519  520  521  522
#>  [463]  523  524  525  526  527  528  529  531  532  534  535  536  537  538
#>  [477]  540  541  542  543  544  545  546  548  549  550  551  552  553  555
#>  [491]  557  558  560  561  562  563  564  565  566  567  568  569  570  571
#>  [505]  572  573  574  575  576  577  578  579  580  582  583  584  585  586
#>  [519]  588  589  590  591  592  594  595  596  598  599  600  601  602  603
#>  [533]  604  605  606  607  608  609  610  612  613  614  615  616  617  618
#>  [547]  619  620  621  622  623  624  625  626  627  628  630  631  632  633
#>  [561]  634  635  636  637  638  639  640  641  642  644  645  646  647  648
#>  [575]  650  651  652  653  654  655  656  658  659  660  661  662  663  664
#>  [589]  665  666  667  669  670  671  672  673  674  675  676  677  678  679
#>  [603]  680  681  683  684  685  686  687  688  689  690  692  693  694  695
#>  [617]  696  697  699  700  701  702  703  704  706  707  708  709  710  712
#>  [631]  713  714  715  716  717  718  719  721  722  723  724  725  726  727
#>  [645]  728  729  730  731  732  733  735  736  737  738  740  741  742  743
#>  [659]  744  745  746  748  749  750  751  752  753  754  755  758  759  760
#>  [673]  761  762  763  764  765  766  767  768  769  770  771  772  773  774
#>  [687]  775  776  777  780  781  782  783  784  785  786  787  788  789  791
#>  [701]  792  793  794  795  796  798  799  800  801  802  803  804  805  806
#>  [715]  807  809  810  811  812  813  814  815  816  817  818  819  820  821
#>  [729]  822  823  824  825  826  827  828  829  830  831  832  833  834  835
#>  [743]  836  837  838  840  841  842  843  845  846  847  848  849  850  851
#>  [757]  852  853  854  855  856  858  859  860  861  862  864  865  867  868
#>  [771]  869  870  871  872  873  875  876  877  878  879  880  881  882  883
#>  [785]  885  886  887  888  889  890  891  892  893  894  896  897  898  899
#>  [799]  900  901  902  904  905  906  908  909  910  911  912  913  914  915
#>  [813]  917  918  919  920  921  922  923  924  925  926  927  928  929  930
#>  [827]  931  932  934  935  936  937  938  940  941  942  943  944  945  946
#>  [841]  947  948  949  950  951  952  953  954  955  956  958  959  960  961
#>  [855]  962  963  964  966  967  969  970  972  974  975  976  977  978  979
#>  [869]  980  981  982  983  984  985  986  987  988  989  990  991  992  993
#>  [883]  994  995  996  997  999 1000 1002 1003 1004 1005 1006 1007 1008 1009
#>  [897] 1010 1011 1014 1015 1016 1018 1019 1020 1021 1022 1023 1024 1025 1027
#>  [911] 1028 1029 1030 1031 1032 1034 1035 1036 1037 1038 1040 1041 1043 1044
#>  [925] 1045 1046 1047 1048 1049 1050 1051 1052 1053 1054 1055 1056 1057 1058
#>  [939] 1059 1060 1061 1062 1063 1064 1065 1066 1067 1068 1069 1071 1072 1073
#>  [953] 1074 1075 1076 1077 1079 1080 1081 1082 1083 1084 1085 1086 1087 1088
#>  [967] 1089 1090 1093 1094 1095 1096 1097 1098 1099 1100 1101 1102 1103 1104
#>  [981] 1105 1106 1107 1108 1109 1110 1111 1112 1114 1115 1116 1118 1119 1120
#>  [995] 1121 1122 1125 1127 1128 1129 1130 1131 1132 1133 1134 1136 1137 1139
#> [1009] 1140 1141 1142 1143 1144 1145 1146 1147 1148 1149 1150 1151 1152 1154
#> [1023] 1156 1157 1158 1159 1160 1162 1163 1165 1166 1167 1169 1170 1172 1173
#> [1037] 1174 1175 1176 1177 1178 1179 1180 1182 1183 1184 1185 1186 1187 1188
#> [1051] 1189 1190 1191 1192 1193 1194 1195 1196 1198 1199 1200 1201 1202 1203
#> [1065] 1204 1205 1206 1207 1208 1209 1210 1211 1212 1213 1214 1215 1216 1217
#> [1079] 1220 1221 1223 1224 1225 1226 1227 1228 1229 1230 1231 1232 1233 1234
#> [1093] 1235 1236 1237 1238 1239 1240 1241 1242 1244 1245 1246 1247 1248 1250
#> [1107] 1251 1252 1253 1254 1255 1256 1258 1259 1260 1261 1262 1263 1264 1265
#> [1121] 1266 1267 1268 1269 1270 1271 1273 1274 1275 1276 1277 1278 1279 1280
#> [1135] 1282 1284 1285 1286 1287 1288 1289 1290 1291 1292 1293 1294 1297 1299
#> [1149] 1300 1301 1302 1303 1304 1305 1306 1307 1308 1310 1311 1312 1313 1314
#> [1163] 1315 1316 1317 1318 1320 1321 1322 1323 1324 1326 1327 1328 1329 1330
#> [1177] 1331 1332 1333 1334 1335 1336 1337 1338 1339 1340 1341 1342 1343 1344
#> [1191] 1345 1347 1348 1349 1350 1351 1352 1353 1354 1355 1356 1357 1358 1359
#> [1205] 1360 1361 1362 1363 1364 1365 1366 1367 1368 1369 1370 1372 1373 1374
#> [1219] 1375 1376 1377 1378 1379 1380 1381 1382 1383 1384 1385 1386 1387 1388
#> [1233] 1389 1390 1391 1392 1393 1394 1395 1396 1397 1398 1399 1400 1401 1402
#> [1247] 1403 1406 1407 1408 1409 1411 1412 1413 1414 1415 1416 1417 1418 1419
#> [1261] 1420 1421 1423 1424 1425 1426 1427 1428 1429 1430 1431 1432 1433 1434
#> [1275] 1435 1436 1437 1438 1439 1440 1441 1442 1443 1444 1445 1448 1449 1451
#> [1289] 1452 1453 1454 1455 1456 1457 1458 1459 1460 1461 1463 1464 1465 1466
#> [1303] 1467 1469 1471 1472 1473 1474 1475 1476 1477 1478 1479 1481 1482 1483
#> [1317] 1484 1486 1487 1488 1489 1491 1493 1494 1495 1496 1498 1499 1500 1501
#> [1331] 1502 1503 1504 1505 1506 1507 1509 1510 1511 1512 1513 1514 1515 1516
#> [1345] 1517 1518 1519 1520 1521 1522 1523 1524 1525 1526 1527 1528 1529 1530
#> [1359] 1532 1533 1534 1535 1536 1537 1538 1539 1540 1541 1542 1543 1544 1545
#> [1373] 1546 1547 1548 1549 1550 1551 1552 1553 1554 1555 1556 1557 1558 1559
#> [1387] 1560 1561 1562 1563 1564 1565 1566 1567 1568 1569 1570 1571 1572 1573
#> [1401] 1575 1576 1577 1578 1579 1581 1582 1583 1584 1585 1586 1587 1589 1590
#> [1415] 1591 1592 1593 1594 1595 1596 1597 1598 1600 1601 1602 1603 1604 1605
#> [1429] 1606 1607 1608 1609 1610 1611 1612 1613 1614 1615 1616 1617 1618 1620
#> [1443] 1621 1622 1624 1625 1626 1627 1628 1630 1631 1632 1633 1634 1635 1636
#> [1457] 1637 1638 1640 1642 1644 1645 1646 1647 1648 1649 1650 1651 1652 1653
#> [1471] 1654 1655 1656 1657 1658 1659 1660 1661 1662 1663 1664 1665 1666 1667
#> [1485] 1668 1669 1670 1671 1672 1673 1674 1675 1676 1677 1678 1679 1680 1681
#> [1499] 1682 1683 1684 1686 1687 1688 1689 1690 1691 1692 1693 1694 1695 1696
#> [1513] 1697 1698 1699 1700 1701 1702 1703 1704 1705 1706 1708 1709 1710 1711
#> [1527] 1714 1715 1716 1717 1718 1719 1720 1721 1722 1723 1724 1725 1726 1727
#> [1541] 1728 1729 1730 1732 1733 1734 1735 1736 1737 1738 1739 1740 1741 1742
#> [1555] 1743 1744 1745 1746 1747 1748 1749 1750 1751 1752 1753 1754 1755 1756
#> [1569] 1757 1758 1759 1760 1761 1762 1763 1764 1765 1767 1768 1769 1771 1772
#> [1583] 1773 1774 1775 1776 1778 1779 1780 1781 1782 1783 1784 1785 1786 1787
#> [1597] 1788 1789 1790 1792 1793 1794 1795 1796 1797 1798 1799 1801 1802 1803
#> [1611] 1804 1805 1806 1807 1808 1809 1810 1811 1812 1813 1814 1815 1816 1817
#> [1625] 1818 1819 1820 1821 1822 1823 1824 1826 1827 1828 1829 1830 1831 1832
#> [1639] 1833 1835 1836 1837 1838 1839 1840 1841 1842 1843 1844 1845 1846 1848
#> [1653] 1849 1850 1851 1852 1853 1854 1855 1856 1858 1859 1860 1861 1862 1863
#> [1667] 1864 1865 1867 1868 1869 1870 1871 1872 1873 1874 1875 1876 1877 1878
#> [1681] 1879 1880 1882 1883 1884 1885 1886 1888 1889 1890 1891 1892 1893 1894
#> [1695] 1895 1896 1897 1898 1899 1901 1902 1903 1904 1905 1906 1907 1908 1909
#> [1709] 1910 1911 1912 1913 1914 1915 1916 1917 1918 1919 1920 1921 1922 1923
#> [1723] 1924 1926 1927 1928 1930 1931 1932 1933 1935 1936 1937 1940 1941 1942
#> [1737] 1943 1944 1946 1947 1948 1949 1950 1951 1952 1953 1954 1955 1956 1958
#> [1751] 1959 1960 1961 1962 1963 1964 1965 1967 1968 1969 1971 1972 1973 1974
#> [1765] 1975 1976 1977 1978 1979 1980 1981 1982 1983 1984 1985 1986 1987 1988
#> [1779] 1990 1991 1992 1993 1994 1995 1996 1997 1998 1999 2001 2002 2003 2004
#> [1793] 2005 2006 2007 2008 2009 2010 2011 2012 2013 2014 2016 2017 2018 2020
#> [1807] 2021 2022 2024 2025 2026 2027 2028 2029 2030 2031 2032 2034 2035 2036
#> [1821] 2037 2038 2039 2040 2041 2042 2043 2044 2045 2046 2047 2048 2049 2050
#> [1835] 2051 2052 2053 2054 2055 2056 2057 2058 2059 2060 2061 2062 2063 2064
#> [1849] 2065 2066 2067 2068 2070 2071 2072 2073 2075 2076 2077 2078 2079 2080
#> [1863] 2081 2082 2083 2084 2085 2087 2088 2089 2090 2092 2093 2094 2095 2096
#> [1877] 2097 2098 2099 2100 2101 2102 2103 2104 2105 2106 2107 2108 2109 2110
#> [1891] 2111 2112 2113 2114 2115 2117 2118 2119 2120 2121 2122 2123 2124 2125
#> [1905] 2126 2127 2128 2129 2130 2131 2132 2133 2134 2135 2136 2137 2138 2139
#> [1919] 2140 2141 2142 2143 2144 2145 2146 2147 2148 2149 2150 2151 2153 2154
#> [1933] 2155 2156 2157 2158 2159 2160 2161 2162 2163 2164 2165 2166 2167 2168
#> [1947] 2169 2170 2171 2172 2173 2174 2175 2176 2177 2178 2180 2181 2182 2183
#> [1961] 2185 2186 2187 2189 2190 2191 2192 2193 2194 2195 2196 2197 2198 2199
#> [1975] 2200 2201 2202 2203 2204 2206 2207 2208 2209 2210 2211 2212 2213 2214
#> [1989] 2215 2216 2217 2218 2219 2220 2222 2223 2227 2228 2229 2231 2232 2233
#> [2003] 2234 2235 2236 2237 2238 2239 2240 2242 2243 2244 2245 2246 2247 2248
#> [2017] 2249 2250 2251 2252 2253 2254 2256 2257 2258 2259 2263 2264 2265 2266
#> [2031] 2267 2268 2269 2270 2271 2272 2273 2274 2275 2276 2277 2280 2281 2282
#> [2045] 2283 2285 2286 2287 2288 2289 2290 2291 2292 2293 2294 2295 2296 2297
#> [2059] 2298 2299 2300 2301 2302 2303 2304 2307 2308 2309 2311 2312 2313 2314
#> [2073] 2315 2316 2319 2320 2323 2324 2325 2327 2328 2329 2330 2331 2332 2333
#> [2087] 2334 2335 2337 2338 2340 2341 2342 2343 2344 2345 2348 2349 2350 2351
#> [2101] 2352 2353 2354 2355 2356 2358 2359 2360 2362 2363 2364 2365 2366 2367
#> [2115] 2369 2370 2371 2372 2373 2374 2375 2376 2377 2378 2379 2381 2382 2384
#> [2129] 2386 2387 2388 2389 2390 2391 2392 2393 2394 2395 2396 2397 2398 2399
#> [2143] 2400 2401 2402 2403 2408 2409 2411 2412 2413 2414 2415 2416 2417 2418
#> [2157] 2420 2421 2422 2423 2424 2425 2426 2427 2428 2429 2430 2431 2432 2433
#> [2171] 2434 2436 2437 2438 2439 2440 2441 2442 2443 2444 2445 2446 2447 2448
#> [2185] 2449 2450 2452 2453 2454 2455 2456 2457 2458 2459 2461 2462 2463 2464
#> [2199] 2465 2466 2467 2468 2469 2470 2471 2472 2473 2474 2475 2476 2477 2478
#> [2213] 2479 2480 2481 2482 2483 2485 2487 2489 2490 2491 2492 2493 2494 2495
#> [2227] 2497 2498 2499 2500 2501 2502 2503 2504 2505 2506 2507 2508 2509 2510
#> [2241] 2511 2512 2513 2514 2515 2516 2517 2518 2519 2520 2521 2522 2523 2524
#> [2255] 2525 2527 2528 2529 2530 2531 2532 2537 2539 2540 2541 2542 2543 2544
#> [2269] 2546 2547 2548 2549 2550 2552 2553 2554 2555 2556 2557 2558 2559 2560
#> [2283] 2561 2563 2564 2565 2566 2567 2568 2569 2570 2571 2572 2574 2575 2576
#> [2297] 2577 2579 2581 2582 2583 2584 2585 2586 2587 2588 2589 2590 2592 2593
#> [2311] 2594 2595 2596 2597 2598 2599 2600 2601 2602 2603 2606 2608 2609 2611
#> [2325] 2612 2613 2614 2615 2616 2617 2618 2619 2621 2622 2624 2625 2626 2627
#> [2339] 2628 2629 2630 2631 2632 2633 2634 2635 2636 2637 2638 2639 2640 2641
#> [2353] 2643 2644 2645 2646 2648 2649 2650 2651 2652 2653 2654 2655 2656 2657
#> [2367] 2658 2659 2661 2662 2664 2665 2666 2667 2668 2669 2670 2671 2672 2673
#> [2381] 2674 2675 2676 2678 2680 2682 2683 2684 2685 2686 2687 2688 2689 2690
#> [2395] 2691 2692 2693 2694 2695 2696 2697 2698 2699 2700 2701 2702 2703 2704
#> [2409] 2705 2706 2707 2708 2709 2710 2711 2712 2713 2714 2716 2717 2718 2720
#> [2423] 2721 2722 2723 2724 2725 2726 2727 2728 2729 2730 2731 2732 2733 2734
#> [2437] 2735 2736 2737 2738 2739 2740 2741 2742 2743 2745 2746 2747 2748 2749
#> [2451] 2750 2751 2752 2753 2754 2755 2756 2757 2758 2759 2760 2761 2762 2763
#> [2465] 2764 2765 2766 2767 2768 2769 2770 2771 2772 2773 2774 2776 2778 2779
#> [2479] 2781 2782 2783 2784 2785 2786 2787 2788 2789 2790 2791 2792 2793 2794
#> [2493] 2795 2796 2797 2798 2799 2800 2801 2803 2804 2806 2807 2808 2809 2810
#> [2507] 2812 2813 2814 2815 2816 2818 2819 2821 2822 2823 2824 2825 2826 2827
#> [2521] 2828 2829 2830 2831 2832 2833 2834 2835 2836 2837 2838 2839 2840 2841
#> [2535] 2842 2843 2844 2845 2846 2847 2849 2850 2851 2852 2853 2854 2855 2856
#> [2549] 2858 2859 2860 2862 2863 2864 2865 2866 2867 2869 2870 2871 2872 2873
#> [2563] 2874 2876 2877 2878 2879 2880 2881 2882 2883 2884 2885 2886 2887 2888
#> [2577] 2889 2890 2891 2892 2893 2894 2895 2896 2897 2898 2899 2900 2902 2903
#> [2591] 2904 2905 2906 2907 2908 2909 2911 2912 2913 2914 2915 2916 2918 2919
#> [2605] 2921 2923 2924 2927 2928 2929 2930 2931 2932 2933 2934 2935 2936 2937
#> [2619] 2938 2939 2940 2941 2942 2943 2944 2945 2946 2947 2948 2949 2950 2951
#> [2633] 2952 2953 2954 2955 2956 2957 2958 2959 2960 2961 2962 2963 2964 2965
#> [2647] 2966 2968 2969 2970 2972 2973 2974 2975 2976 2977 2978 2980 2981 2982
#> [2661] 2983 2984 2985 2986 2987 2988 2991 2992 2993 2994 2995 2996 2997 2998
#> [2675] 3000 3001 3002 3005 3006 3007 3009 3010 3011 3012 3013 3014 3016 3017
#> [2689] 3018 3019 3022 3023 3024 3025 3026 3027 3028 3029 3030 3031 3032 3034
#> [2703] 3035 3036 3038 3039 3040 3041 3042 3043 3046 3047 3048 3049 3051 3052
#> [2717] 3053 3054 3055 3057 3058 3059 3061 3062 3063 3065 3066 3067 3068 3069
#> [2731] 3070 3071 3072 3073 3074 3077 3079 3080 3082 3083 3084 3085 3086 3088
#> [2745] 3089 3091 3092 3093 3095 3096 3097 3098 3099 3100 3102 3103 3104 3105
#> [2759] 3107 3108 3109 3111 3112 3113 3114 3115 3116 3120 3121 3122 3123 3124
#> [2773] 3125 3127 3128 3129 3130 3131 3132 3133 3134 3135 3137 3138 3139 3140
#> [2787] 3141 3142 3143 3144 3145 3146 3148 3149 3150 3151 3153 3154 3155 3156
#> [2801] 3157 3158 3159 3160 3161 3162 3163 3164 3165 3166 3167 3169 3170 3171
#> [2815] 3172 3173 3174 3175 3177 3178 3179 3180 3181 3182 3183 3184 3185 3186
#> [2829] 3187 3188 3189 3190 3191 3192 3193 3194 3195 3196 3197 3198 3199 3200
#> [2843] 3201 3202 3203 3204 3205 3206 3207 3208 3209 3210 3211 3212 3213 3215
#> [2857] 3216 3217 3218 3219 3220 3221 3222 3223 3224 3225 3226 3227 3228 3230
#> [2871] 3232 3233 3234 3235 3236 3237 3238 3239 3240 3241 3242 3243 3244 3245
#> [2885] 3246 3247 3248 3249 3250 3252 3253 3254 3255 3256 3257 3258 3259 3262
#> [2899] 3264 3266 3267 3268 3269 3270 3271 3272 3273 3274 3275 3276 3277 3278
#> [2913] 3279 3280 3281 3282 3284 3285 3286 3287 3288 3289 3290 3291 3292 3293
#> [2927] 3294 3295 3296 3297 3298 3299 3300 3301 3302 3303 3304 3305 3306 3307
#> [2941] 3308 3309 3310 3311 3312 3313 3314 3315 3316 3317 3318 3319 3320 3322
#> [2955] 3323 3324 3325 3326 3327 3328 3329 3330 3331 3332 3333 3334 3335 3336
#> [2969] 3337 3338 3339 3340 3341 3342 3343 3344 3345 3347 3348 3349 3350 3351
#> [2983] 3352 3353 3354 3355 3356 3357 3358 3359 3360 3361 3362 3363 3364 3365
#> [2997] 3366 3367 3368 3369 3370 3371 3372 3374 3375 3376 3377 3379 3380 3381
#> [3011] 3382 3383 3384 3385 3386 3387 3388 3389 3390 3391 3392 3393 3394 3395
#> [3025] 3396 3397 3398 3399 3400 3401 3403 3404 3405 3406 3407 3408 3409 3411
#> [3039] 3412 3413 3414 3415 3417 3418 3419 3420 3422 3423 3424 3425 3426 3427
#> [3053] 3429 3431 3432 3433 3434 3435 3436 3437 3438 3439 3440 3441 3442 3443
#> [3067] 3444 3445 3447 3448 3449 3450 3451 3452 3453 3454 3457 3458 3459 3461
#> [3081] 3462 3463 3464 3465 3466 3467 3468 3469 3471 3472 3473 3474 3476 3477
#> [3095] 3478 3479 3481 3482 3483 3486 3488 3489 3491 3492 3493 3495 3496 3497
#> [3109] 3498 3499 3500 3501 3502 3503 3504 3505 3506 3508 3509 3510 3511 3512
#> [3123] 3513 3514 3515 3517 3518 3519 3520 3521 3522 3523 3525 3526 3527 3531
#> [3137] 3532 3533 3534 3535 3536 3537 3538 3539 3540 3541 3542 3543 3545 3546
#> [3151] 3547 3549 3550 3551 3553 3554 3555 3556 3557 3558 3559 3560 3562 3563
#> [3165] 3564 3565 3567 3568 3569 3570 3571 3572 3573 3574 3575 3576 3577 3579
#> [3179] 3580 3581 3582 3583 3585 3589 3591 3592 3593 3594 3595 3596 3597 3598
#> [3193] 3601 3602 3603 3604 3605 3606 3608 3610 3611 3612 3613 3614 3615 3616
#> [3207] 3618 3619 3622 3623 3624 3625 3626 3627 3628 3629 3630 3631 3632 3633
#> [3221] 3634 3635 3636 3637 3638 3639 3640 3641 3642 3643 3644 3646 3647 3648
#> [3235] 3650 3651 3652 3653 3654 3656 3657 3659 3660 3661 3662 3664 3666 3667
#> [3249] 3668 3669 3670 3671 3672 3674 3675 3676 3677 3679 3681 3682 3683 3684
#> [3263] 3685 3686 3687 3688 3689 3690 3691 3692 3693 3694 3695 3696 3697 3698
#> [3277] 3699 3700 3701 3702 3703 3704 3705 3706 3707 3708 3709 3710 3711 3712
#> [3291] 3713 3714 3715 3716 3717 3718 3719 3720 3721 3722 3723 3724 3725 3726
#> [3305] 3728 3729 3730 3731 3732 3733 3734 3737 3738 3739 3740 3741 3742 3743
#> [3319] 3744 3745 3746 3747 3748 3749 3750 3751 3752 3753 3754 3755 3756 3757
#> [3333] 3758 3759 3760 3761 3762 3763 3764 3765 3766 3767 3768 3769 3770 3771
#> [3347] 3772 3773 3774 3775 3777 3778 3779 3780 3781 3782 3783 3784 3785 3786
#> [3361] 3787 3788 3789 3790 3791 3792 3793 3794 3795 3796 3797 3799 3800 3802
#> [3375] 3803 3804 3805 3806 3807 3808 3809 3811 3812 3813 3814 3816 3817 3818
#> [3389] 3819 3820 3821 3822 3823 3825 3826 3827 3828 3829 3830 3831 3832 3834
#> [3403] 3835 3836 3837 3838 3839 3840 3841 3842 3843 3844 3845 3846 3848 3849
#> [3417] 3850 3851 3852 3853 3854 3855 3856 3857 3858 3859 3860 3861 3862 3863
#> [3431] 3864 3866 3867 3868 3869 3870 3871 3872 3873 3874 3875 3876 3878 3879
#> [3445] 3880 3881 3882 3883 3884 3885 3886 3887 3888 3889 3890 3891 3892 3893
#> [3459] 3894 3895 3896 3897 3898 3900 3901 3902 3903 3904 3905 3906 3907 3908
#> [3473] 3909 3910 3911 3912 3913 3914 3915 3916 3917 3918 3919 3920 3921 3922
#> [3487] 3923 3925 3926 3927 3928 3929 3930 3931 3932 3933 3934 3935 3936 3938
#> [3501] 3940 3941 3942 3944 3945 3946 3947 3948 3949 3950 3951 3952 3953 3955
#> [3515] 3956 3957 3958 3959 3961 3962 3964 3965 3967 3968 3969 3970 3971 3972
#> [3529] 3974 3975 3976 3977 3979 3980 3981 3982 3983 3984 3985 3986 3987 3988
#> [3543] 3989 3990 3991 3992 3993 3994 3995 3996 3997 3998 3999 4000 4001 4002
#> [3557] 4003 4004 4005 4006 4007 4008 4009 4011 4012 4013 4014 4015 4016 4017
#> [3571] 4020 4022 4023 4024 4025 4026 4027 4028 4029 4030 4031 4032 4033 4035
#> [3585] 4036 4037 4038 4039 4040 4041 4042 4043 4044 4045 4046 4047 4048 4049
#> [3599] 4050 4051 4052 4053 4054 4055 4056 4057 4058 4059 4060 4061 4062 4063
#> [3613] 4064 4065 4066 4067 4068 4069 4070 4071 4072 4073 4075 4076 4077 4078
#> [3627] 4079 4080 4081 4082 4083 4084 4085 4086 4087 4088 4089 4090 4092 4093
#> [3641] 4094 4095 4098 4099 4100 4101 4102 4103 4104 4105 4106 4107 4108 4109
#> [3655] 4111 4112 4113 4114 4115 4116 4117 4118 4119 4120 4121 4122 4123 4124
#> [3669] 4125 4126 4127 4128 4129 4130 4132 4133 4134 4135 4136 4137 4138 4139
#> [3683] 4140 4141 4142 4143 4144 4145 4146 4147 4148 4149 4150 4151 4153 4154
#> [3697] 4155 4156 4157 4158 4159 4160 4161 4162 4163 4165 4166 4167 4168 4170
#> [3711] 4171 4172 4173 4174 4175 4176 4177 4178 4179 4180 4181 4182 4183 4184
#> [3725] 4185 4186 4187 4188 4189 4190 4192 4193 4194 4196 4197 4198 4199 4201
#> [3739] 4202 4203 4204 4206 4207 4208 4209 4210 4211 4212 4213 4214 4215 4216
#> [3753] 4217 4218 4220 4221 4222 4223 4225 4226 4227 4228 4229 4230 4231 4232
#> [3767] 4233 4234 4235 4236 4237 4238 4239 4242 4243 4244 4245 4247 4248 4249
#> [3781] 4250 4251 4252 4253 4254 4255 4256 4257 4258 4259 4260 4261 4262 4263
#> [3795] 4264 4266 4267 4268 4269 4270 4271 4272 4273 4274 4275 4276 4277 4278
#> [3809] 4279 4280 4281 4282 4283 4284 4285 4286 4287 4288 4290 4291 4293 4294
#> [3823] 4295 4297 4298 4299 4301 4303 4304 4305 4306 4307 4308 4309 4310 4311
#> [3837] 4312 4313 4314 4316 4317 4318 4319 4320 4321 4322 4324 4325 4326 4327
#> [3851] 4329 4331 4332 4333 4334 4335 4336 4337 4338 4339 4340 4341 4342 4343
#> [3865] 4344 4345 4347 4348 4349 4350 4351 4352 4354 4355 4357 4358 4359 4360
#> [3879] 4361 4362 4363 4364 4365 4366 4367 4368 4369 4370 4371 4372 4373 4374
#> [3893] 4375 4376 4377 4378 4379 4380 4381 4382 4383 4384 4385 4386 4387 4388
#> [3907] 4389 4390 4391 4392 4393 4394 4395 4396 4397 4398 4399 4400 4401 4403
#> [3921] 4404 4405 4406 4407 4409 4410 4411 4412 4413 4414 4415 4416 4417 4418
#> [3935] 4419 4421 4422 4423 4424 4425 4426 4427 4428 4430 4431 4432 4433 4434
#> [3949] 4435 4436 4437 4439 4440 4441 4442 4443 4445 4446 4447 4448 4449 4450
#> [3963] 4451 4452 4453 4454 4455 4456 4457 4458 4459 4460 4461 4462 4463 4464
#> [3977] 4466 4468 4469 4470 4471 4472 4473 4474 4476 4477 4479 4480 4481 4482
#> [3991] 4483 4484 4485 4486 4487 4488 4490 4491 4492 4493 4494 4495 4496 4497
#> [4005] 4498 4500 4501 4502 4503 4504 4505 4506 4507 4508 4509 4510 4511 4513
#> [4019] 4515 4516 4517 4518 4519 4520 4521 4522 4523 4524 4525 4526 4527 4528
#> [4033] 4529 4530 4531 4532 4533 4534 4535 4536 4537 4538 4539 4541 4542 4544
#> [4047] 4545 4546 4547 4548 4549 4551 4552 4553 4554 4555 4556 4557 4558 4560
#> [4061] 4561 4562 4563 4564 4565 4566 4567 4568 4569 4570 4571 4572 4573 4574
#> [4075] 4575 4576 4577 4578 4579 4580 4581 4584 4585 4586 4587 4588 4589 4590
#> [4089] 4591 4592 4593 4594 4596 4597 4598 4599 4601 4602 4603 4605 4606 4607
#> [4103] 4608 4609 4610 4611 4612 4613 4614 4616 4617 4619 4621 4623 4624 4625
#> [4117] 4626 4627 4628 4629 4630 4631 4632 4633 4634 4635 4636 4637 4639 4640
#> [4131] 4642 4643 4644 4645 4646 4647 4648 4650 4653 4654 4655 4656 4657 4658
#> [4145] 4659 4660 4661 4662 4663 4664 4665 4666 4667 4668 4669 4670 4671 4672
#> [4159] 4673 4674 4675 4676 4677 4678 4679 4680 4681 4682 4684 4685 4686 4687
#> [4173] 4689 4690 4691 4692 4693 4694 4695 4696 4697 4698 4699 4700 4701 4702
#> [4187] 4703 4704 4705 4706 4707 4708 4709 4710 4711 4712 4714 4715 4716 4718
#> [4201] 4719 4720 4722 4723 4724 4725 4726 4727 4728 4730 4731 4732 4733 4734
#> [4215] 4735 4737 4738 4739 4740 4741 4742 4743 4744 4745 4746 4747 4749 4750
#> [4229] 4751 4752 4753 4755 4756 4757 4758 4761 4762 4763 4764 4765 4766 4767
#> [4243] 4768 4769 4770 4772 4773 4774 4775 4776 4777 4778 4780 4781 4782 4783
#> [4257] 4784 4785 4786 4787 4788 4789 4790 4791 4792 4793 4794 4795 4796 4797
#> [4271] 4798 4800 4801 4802 4803 4804 4805 4806 4807 4808 4810 4811 4812 4813
#> [4285] 4814 4816 4817 4818 4821 4824 4825 4826 4827 4828 4829 4830 4831 4835
#> [4299] 4837 4838 4839 4840 4841 4842 4843 4844 4845 4846 4847 4848 4849 4850
#> [4313] 4851 4852 4853 4854 4855 4856 4859 4860 4861 4862 4864 4865 4866 4867
#> [4327] 4868 4869 4870 4871 4872 4873 4874 4875 4876 4877 4878 4879 4880 4881
#> [4341] 4882 4883 4885 4886 4887 4888 4890 4891 4892 4893 4894 4895 4896 4897
#> [4355] 4898 4899 4900 4901 4902 4903 4904 4905 4906 4907 4908 4909 4910 4911
#> [4369] 4912 4913 4914 4915 4916 4917 4921 4922 4923 4924 4925 4926 4928 4929
#> [4383] 4930 4931 4932 4933 4934 4935 4937 4938 4939 4940 4941 4942 4943 4944
#> [4397] 4945 4947 4948 4949 4950 4951 4952 4953 4954 4956 4957 4958 4959 4960
#> [4411] 4961 4962 4963 4964 4965 4966 4967 4968 4969 4970 4971 4972 4973 4977
#> [4425] 4978 4979 4980 4981 4982 4983 4984 4985 4986 4987 4988 4989 4990 4991
#> [4439] 4992 4993 4994 4995 4996 4997 4998 4999 5000 5002 5004 5005 5006 5007
#> [4453] 5008 5009 5010 5012 5013 5014 5015 5016 5018 5019 5020 5021 5022 5023
#> [4467] 5025 5026 5029 5032 5033 5034 5035 5036 5037 5038 5039 5040 5041 5042
#> [4481] 5044 5045 5046 5047 5048 5050 5051 5052 5053 5055 5056 5057 5058 5059
#> [4495] 5061 5062 5063 5064 5065 5066 5067 5068 5069 5070 5072 5073 5074 5075
#> [4509] 5077 5078 5079 5080 5081 5082 5083 5084 5087 5088 5089 5090 5091 5093
#> [4523] 5095 5096 5097 5098 5099 5100 5101 5102 5103 5104 5105 5106 5107 5108
#> [4537] 5109 5110 5111 5112 5113 5114 5115 5116 5117 5118 5119 5120 5121 5122
#> [4551] 5123 5124 5125 5126 5128 5129 5130 5131 5132 5134 5136 5137 5138 5139
#> [4565] 5140 5141 5143 5144 5145 5146 5147 5148 5150 5151 5152 5153 5154 5155
#> [4579] 5156 5157 5158 5159 5160 5161 5162 5164 5165 5166 5167 5168 5169 5170
#> [4593] 5171 5172 5173 5174 5176 5177 5178 5179 5180 5181 5182 5183 5184 5185
#> [4607] 5186 5187 5188 5189 5190 5191 5193 5194 5195 5196 5197 5198 5199 5200
#> [4621] 5201 5202 5203 5204 5205 5206 5207 5208 5209 5210 5211 5212 5213 5214
#> [4635] 5215 5216 5217 5219 5221 5222 5223 5225 5226 5227 5228 5229 5230 5231
#> [4649] 5233 5234 5235 5236 5237 5238 5239 5240 5241 5242 5243 5244 5246 5247
#> [4663] 5248 5249 5251 5252 5253 5254 5255 5256 5257 5258 5259 5260 5261 5262
#> [4677] 5264 5265 5266 5267 5268 5269 5271 5272 5273 5274 5275 5276 5277 5278
#> [4691] 5279 5280 5281 5282 5283 5284 5285 5286 5287 5288 5289 5290 5291 5292
#> [4705] 5293 5294 5295 5297 5298 5300 5301 5302 5303 5304 5305 5306 5309 5311
#> [4719] 5312 5313 5314 5315 5316 5317 5318 5319 5320 5321 5323 5324 5325 5326
#> [4733] 5327 5328 5329 5331 5332 5333 5334 5335 5336 5337 5338 5339 5340 5341
#> [4747] 5342 5343 5345 5346 5348 5349 5350 5351 5352 5353 5355 5356 5357 5358
#> [4761] 5359 5360 5361 5363 5364 5365 5366 5367 5368 5370 5371 5372 5374 5375
#> [4775] 5376 5377 5378 5379 5380 5381 5382 5383 5385 5386 5387 5388 5389 5390
#> [4789] 5391 5392 5393 5394 5395 5398 5399 5400 5401 5402 5404 5406 5407 5408
#> [4803] 5409 5410 5411 5413 5414 5415 5416 5417 5419 5420 5421 5422 5423 5424
#> [4817] 5425 5426 5427 5428 5429 5430 5431 5432 5433 5434 5435 5436 5437 5438
#> [4831] 5441 5442 5443 5444 5445 5446 5447 5448 5449 5450 5451 5452 5453 5454
#> [4845] 5455 5456 5457 5458 5459 5460 5461 5462 5463 5467 5468 5469 5470 5471
#> [4859] 5473 5474 5475 5477 5478 5479 5480 5481 5482 5483 5484 5485 5486 5487
#> [4873] 5488 5489 5490 5491 5493 5494 5496 5497 5498 5499 5500 5501 5502 5503
#> [4887] 5504 5505 5506 5507 5508 5509 5510 5511 5512 5514 5516 5517 5518 5519
#> [4901] 5520 5521 5522 5523 5524
#> 
#> [[1]]$label
#> [1] 1
#> 
#> 
#> [[2]]
#> [[2]]$phenotype
#> [1] "FL2-0" "FL4-1"
#> 
#> [[2]]$proportion
#> [1] 0.1068
#> 
#> [[2]]$cells
#>   [1]   18   22   35   40   50   87  120  121  142  143  150  157  163  167  178
#>  [16]  183  187  188  193  195  199  207  210  215  218  224  228  229  264  270
#>  [31]  272  273  275  296  313  323  339  346  351  379  394  398  414  422  428
#>  [46]  436  444  446  447  460  461  464  466  480  482  488  498  504  530  533
#>  [61]  539  547  554  556  559  581  587  593  597  611  629  643  649  657  668
#>  [76]  682  691  698  705  711  720  734  739  747  756  757  778  779  808  839
#>  [91]  844  857  863  874  884  895  903  907  916  933  939  957  965  968  971
#> [106]  973  998 1001 1012 1013 1017 1026 1033 1039 1070 1078 1091 1092 1113 1117
#> [121] 1123 1124 1126 1135 1138 1153 1155 1161 1164 1168 1171 1181 1197 1219 1222
#> [136] 1243 1249 1272 1281 1283 1295 1296 1298 1309 1319 1325 1346 1371 1404 1405
#> [151] 1410 1422 1446 1447 1450 1462 1468 1470 1480 1485 1490 1492 1497 1531 1574
#> [166] 1580 1588 1599 1619 1623 1629 1639 1641 1643 1685 1707 1712 1713 1731 1766
#> [181] 1770 1777 1791 1800 1825 1834 1847 1857 1866 1881 1887 1900 1925 1929 1934
#> [196] 1938 1939 1945 1957 1966 1970 1989 2000 2015 2019 2023 2033 2069 2074 2086
#> [211] 2091 2116 2152 2179 2184 2188 2221 2224 2225 2226 2230 2241 2255 2260 2261
#> [226] 2262 2278 2279 2284 2305 2306 2310 2317 2318 2321 2322 2326 2336 2339 2346
#> [241] 2347 2357 2361 2368 2380 2383 2385 2404 2405 2406 2407 2410 2419 2451 2460
#> [256] 2484 2486 2488 2496 2526 2533 2534 2535 2536 2538 2545 2551 2562 2573 2578
#> [271] 2591 2604 2605 2607 2610 2620 2623 2642 2647 2660 2663 2677 2679 2681 2715
#> [286] 2719 2744 2775 2777 2780 2802 2805 2811 2817 2820 2848 2861 2868 2875 2901
#> [301] 2910 2917 2920 2922 2925 2926 2967 2971 2979 2989 2990 2999 3003 3008 3015
#> [316] 3020 3021 3033 3037 3044 3050 3056 3060 3064 3075 3076 3078 3081 3087 3090
#> [331] 3094 3101 3106 3110 3117 3118 3126 3136 3147 3152 3168 3176 3214 3229 3231
#> [346] 3251 3260 3261 3263 3265 3283 3321 3346 3373 3378 3402 3410 3416 3421 3428
#> [361] 3430 3446 3455 3456 3460 3470 3475 3480 3484 3485 3487 3490 3494 3507 3516
#> [376] 3524 3528 3529 3530 3544 3548 3552 3561 3566 3578 3584 3586 3587 3588 3590
#> [391] 3599 3600 3607 3609 3617 3620 3621 3645 3649 3655 3658 3663 3665 3673 3678
#> [406] 3680 3727 3735 3736 3798 3801 3810 3815 3824 3833 3847 3865 3877 3899 3924
#> [421] 3937 3939 3943 3954 3960 3966 3973 3978 4010 4018 4019 4034 4074 4091 4096
#> [436] 4097 4110 4131 4152 4164 4169 4191 4195 4200 4205 4219 4224 4240 4246 4265
#> [451] 4289 4292 4300 4302 4315 4323 4328 4346 4353 4356 4402 4408 4420 4429 4438
#> [466] 4444 4465 4467 4475 4478 4489 4499 4512 4514 4540 4543 4559 4582 4583 4595
#> [481] 4604 4615 4618 4620 4622 4638 4641 4649 4651 4652 4683 4688 4713 4717 4721
#> [496] 4729 4736 4759 4760 4771 4779 4799 4809 4815 4819 4820 4822 4823 4832 4833
#> [511] 4834 4836 4857 4858 4863 4884 4889 4918 4919 4920 4927 4936 4946 4974 4975
#> [526] 4976 5001 5003 5011 5017 5024 5027 5028 5030 5031 5043 5049 5054 5060 5071
#> [541] 5076 5086 5092 5094 5127 5133 5135 5142 5149 5163 5175 5192 5218 5220 5224
#> [556] 5232 5245 5250 5263 5270 5296 5299 5307 5308 5310 5322 5344 5347 5354 5362
#> [571] 5369 5373 5384 5396 5397 5403 5405 5412 5418 5439 5440 5464 5465 5466 5472
#> [586] 5476 5492 5495 5513 5515
#> 
#> [[2]]$label
#> [1] 2
#> 
#> 
#> [[3]]
#> [[3]]$phenotype
#> [1] "FL2-1" "FL4-1"
#> 
#> [[3]]$proportion
#> [1] 0.0052
#> 
#> [[3]]$cells
#>  [1]   60  486  790  797  866 1042 1218 1257 1508 2205 2435 2580 2857 3004 3045
#> [16] 3119 3776 3963 4021 4241 4296 4330 4550 4600 4748 4754 4955 5085 5330
#> 
#> [[3]]$label
#> [1] 3
#> 
#> 

# F-measure ignoring cells labeled 0 as in FlowCAP-I.

# Use FmeasureC() in any other case.
FmeasureC_no0(ref=manual_labels, pred=Tree_Partition)
#> [1] 0.9961145



if(interactive()){

# Scatterplots.
library(ggplot2)

# Ignoring cells labeled 0 as in FlowCAP-I.
rm_zeros <- which(!manual_labels)

# Building the data frame to scatter plot the data.
FL1 <- cellevents[-c(rm_zeros),"FL1"]
FL2 <- cellevents[-c(rm_zeros),"FL2"]
FL4 <- cellevents[-c(rm_zeros),"FL4"]
n <- length(FL1)
Labels <- c(manual_labels[-c(rm_zeros)]%%2+1, Tree_Partition[-c(rm_zeros)])
Labels <- as.factor(Labels)
method <- as.factor(c(rep("FlowCap-I",n),rep("CytomeTree",n)))

scatter_df <- data.frame("FL2" = FL2, "FL4" = FL4, "labels" = Labels, "method" = method)
p <- ggplot2::ggplot(scatter_df,  ggplot2::aes_string(x = "FL2", y = "FL4", colour = "labels")) +
 ggplot2::geom_point(alpha = 1,cex = 1) +
 ggplot2::scale_colour_manual(values = c("green","red","blue")) +
 ggplot2::facet_wrap(~ method) +
 ggplot2::theme_bw() +
 ggplot2::theme(legend.position="bottom")
p

}